ORGANISATION ET GESTION DU TEMPS LORS D’UNE THESE DOCTORALE

Le doctorat est une réelle expérience professionnelle. En effet, ce dernier nécessite généralement trois années et un contrat de travail pour être réalisé. De plus, le doctorant doit, comme tout employer suivre un emploi de temps précis et clarifié. Ainsi, je vais, dans cet article, détailler comment est-ce qu’il a fallu que je m’organise et que je gère mon temps afin de mener à bien mes travaux de recherche.

Le doctorat est un contrat de travail.
Le doctorat est un contrat de travail.

Le directeur de thèse est un acteur clé dans le dévouement que le doctorant va mettre dans son travail de recherche et aussi dans l’organisation du temps et du travail de son doctorant. Effectivement, dans un premier temps, le directeur de thèse établit le sujet de thèse avec le doctorant puis, ce dernier se présente pour obtenir un financement.

Dans les premières semaines, le directeur de thèse va guider le doctorant sur les actions qu’il doit établir au quotidien. Il le guide dans le choix des d’articles scientifiques à lire, des expériences à réaliser et dans la lecture d’expériences ayant déjà été effectuées autour de son sujet de thèse. Il le guide dans le choix des forums et des séminaires nationaux et internationaux et également dans le choix des formations du docteur.

A la fin de la thèse, le directeur de thèse est là pour guider le jeune docteur aux pratiques et aux temps nécessaires pour soumettre sa thèse aux différents membres du jury afin de soutenir dans de bonnes conditions.

Le directeur de thèse est un mentor

Avant d’effectué une thèse, l’étudiant passe par un master 2 de recherche pendant lequel il effectue un stage sur un sujet qui lui ai proposé par son encadrant. Très souvent, à la fin de ces travaux ; l’étudiant est capable de déterminer s’il veut ou non effectuer une thèse.

En France, pour obtenir une thèse ; il faut avoir un financement. Plusieurs financements sont possibles, soit par le ministère de l’éducation et de la recherche scientifique, soit par une entreprise (on parle alors de thèse CIFRE). Pendant mes travaux de master 2, avec ma directrice de stage, nous avons établi le sujet que j’allais présenter pour obtenir une bourse.

Le ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique octroie la bourse de thèse à une école doctorale (BIOSPC pour moi), cette école doctorale étudie les différents sujets proposés et détermine par un système de notes les étudiants qui méritent d’obtenir cette bourse.

La vois de signalisation HEDGEHOG chez la drosophile

Avec ma directrice de thèse, nous avons établi un sujet de thèse qui portait sur l’étude d’une protéine à 12 segments transmembranaires la protéine PATCHED afin de déterminer le site de fixation de son ligand dans le but d’inhiber cette dernière par une protéine synthétique qui se fixerait sur le site de fixation de son ligand naturel HEDGEHOG.

J’ai présenté mon dossier au concours de l’école doctorale.

Il y a différentes informations qui sont prises en compte pour attribuer des notes notamment, est-ce que vous avez fait des stages volontaires, est-ce que vous avez obtenu de bonnes notes en licences et en master de recherche etc…

Toutes ces notes m’ont permis de soutenir mon projet devant un jury et à la fin j’étais 3ième sur liste d’attente. La directrice de mon école doctorale a soutenu ma candidature pour obtenir une bourse IDEX (Initiative d’excellence) qui s’octroie pour des sujets innovants. J’ai obtenu cette bourse.

Tout de suite après avoir reçu cette nouvelle, j’ai été envoyée une semaine au Portugal où j’ai effectué une formation de cristallographie et de cristallogenèse avec un groupe d’étudiants venant de partout dans l’Europe. C’était ma première entrée dans la gestion de mon temps car en effet, il faut se former durant une thèse. Effectuant une thèse en structure des protéines, connaître la cristallogenèse était primordiale pour mon sujet.

J’ai débuté effectivement ma thèse en décembre 2013. Ces travaux de thèse ont commencé par une recherche bibliographique et la continuité de mon sujet de stage où j’ai étudié la protéine SUFU pour laquelle j’avais optimisé les conditions expression et de purification. Durant les premiers temps de ma thèse, j’ai obtenu des données biophysiques sur SUFU. Afin de mieux traiter ce sujet, je me suis appuyée sur les travaux du Dr JABRANI qui m’a précédée auprès du Dr BIOU. Dans cette thèse, elle a mis en place les conditions d’expression de la protéine SUFU et obtenu les données de SAXS et de dichroïsme circulaire pour cette protéine-là. Pendant ma thèse, j’ai obtenu d’autres données de CD (Circular dichroïsm ou dichroïsme circulaire), de SAXS, de diffusion des rayons X aux petits angles et de données de spectroscopie atomique. Afin d’obtenir ces données, j’ai collaboré avec des équipes étrangères à mon laboratoire car nous n’avions pas les équipements nécessaires. En effet, pour effectuer un CD, il faut un synchrotron. J’ai utilisé les deux synchrotrons Français qui se situent à St Aubin et à Grenoble. Pour faire des expériences sur ces synchrotrons, il est nécessaire de réserver du temps de faisceau. Pour ma part, cette réservation a très souvent été effectuée par ma directrice de thèse. Pour y aller, la protéine doit être purifiée car les protéines fraichement purifiées sont plus stables que les protéines congelées. En effet, si vous mettez du concombre au congélateur, une fois décongelé, ce dernier est immangeable. C’est presque pareil pour les protéines ; il faut très souvent travailler avec des protéines pures. Une fois qu’on connait les dates de temps de faisceau proposées pour son projet, on réserve du temps pour purifier sa protéine. Une fois fait, il est nécessaire d’organiser son trajet. Il faut pouvoir transporter la protéine sans la dénaturer, préparer des enceintes adiabatiques, avoir le nécessaire pour transporter les protéines de manière sécurisée pour la protéine mais aussi pour les voyageurs. Cependant, je ne travaillais pas avec des protéines dangereuses.

Une fois arrivé aux différents synchrotrons, il faut faire connaissance avec les équipes sur place. Ce sont des personnes qui travaillent avec les profils différents et donc elles savent s’adapter à différents niveaux de compréhension. Cette adaptation est bénéfique car ce sont des piliers, des personnes sur lesquelles on s’appuie pour effectuer les travaux de recherche pendant le temps où on est sur le synchrotron. Il est également nécessaire de se familiariser avec les outils qui sont souvent très couteux donc il faut pouvoir les maîtriser afin d’éviter les dégradations. La maîtrise des outils permet aussi de bien calibrer les machines et les expériences pour ne pas dégrader son échantillon et en tirer le plus de données possibles. Le personnel présent sur le synchrotron passe un temps à former les utilisateurs aux bonnes pratiques de leur plateau technique.

Une fois rentrer avec les données, il faut passer du temps à maîtriser les outils nécessaires pour tirer le maximum de cohérences. Pour les données de CD, j’ai utilisé BETSEL qui est un outil en ligne. J’ai aussi utilisé Excel pour la mise en forme. Ces données traitées, il faut les analyser. L’analyse des données de biologie passent par une étude bibliographique des articles qui sont parvenus dans différentes revues scientifiques et qui traitent du sujet d’étude. Il faut pouvoir comprendre les expériences qui ont été faites au préalable, analyser des données en notre possession et définir pourquoi ces nouvelles données ajoutent une plus-value sur celles qui avaient déjà été faites. Puis mettre tous ces éléments en formes et les proposer à des revues scientifiques destinées au sujet traité.

J’ai également effectué des expériences de SAXS à SOLEIL. J’ai utilisé la protéine SUFU dans des conditions différentes afin de comprendre comment se comporte la protéine dans son milieu naturel en mimant les interactions biochimiques et biophysiques qu’elle pourrait avoir non seulement avec le milieu intracellulaire mais aussi avec les différentes protéines qui l’entourent. En effet, j’ai mis la protéine en présence de son ligand naturel Cuditus Interruptus (CI) qui est une des protéines impliquées dans la voie de signalisation HEDGEHOG.

Ainsi, vous l’aurez compris, un sujet qu’on soutient pour obtenir la bourse peut prendre différentes tournures et il est nécessaire d’être flexible dans ses réflexions et pouvoir avoir une autre approche du sujet.

J’ai effectué des expériences sur SUFU mais aussi sur PATCHED. Dans notre laboratoire, nous n’avions jamais travaillé sur PATCHED ainsi, nous avons collaboré avec Le DR MUS VETEAU à Nice.

Le DR MUS VETEAU nous a fourni la séquence d’expression de la protéine PATCHED que nous avons insérée dans un génome de levure et dans un génome de bactérie. Nous avons donc effectué des expériences de biologie moléculaire.

Petite anecdote: durant une thèse, il y a des moments où on ne comprend pas ce qu’il se passe. Ce moment m’est arrivé.

En effet, pour insérer un gène dans un génome, il est nécessaire d’effectuer une digestion enzymatique sur des sites palindromiques (séquence de lettres pouvant se lire à l’endroit comme à l’envers comme ANNA, KAYAK) spécifiques d’une enzyme donnée. Au préalable, on détermine le site palindromique commun au vecteur et au gène à insérer.

Un des échantillons d’enzymes que j’utilisais a été contaminée. Ainsi, les coupures ne donnaient pas le nombre de fragments qu’il fallait. Je n’ai pas eu assez de recul sur mes expériences pour comprendre ce qu’il s’était passé et, la discussion avec mes collègues m’a permis de me rendre compte qu’effectivement l’échantillon avait été contaminé. Ainsi, j’ai effectué des commandes d’autres enzymes, refais des coupures et constater qu’effectivement l’échantillon précédent était contaminé. Ce sont des expériences qui prennent du temps, il faut pouvoir minimiser l’impact de ce temps perdu sur ses travaux de recherche car c’est du temps qui aurait pu être utilisé autrement.

Durant cette thèse j’ai travaillé dans l’obtention de la protéine dans les différents systèmes d’expression qui se présentaient à moi. En effet, les bactéries n’expriment pas les protéines de la même façon en fonction de la souche. Afin de mieux le comprendre, je vous inviterai à lire l’article du docteur Federica ANGIUS car il traite des systèmes d’expression, des différentes souches bactériennes et de leur influence sur l’expression et le repliement des protéines. https://www.nature.com/articles/s41598-018-26668-y

Ainsi, j’ai cloné le gène dans différents types de vecteurs et inséré ses vecteurs dans différentes souches bactériennes afin de déterminer qu’elle serait le meilleur système d’expression de ma protéine.

Afin d’effectuer ces expériences de biologie moléculaire, des étudiantes en BTS ont été recrutées et encadrées par ma directrice de thèse et moi. Durant cet encadrement, nous avons transmis aux étudiantes les bonnes pratiques du laboratoire et les techniques nécessaires pour effectuer des expériences de biologie moléculaire.

Une fois ces expériences réalisées, il faut les mettre en forme, les analyser, prendre de la hauteur afin d’avoir une vision plus large sur les expériences ; une vision du passé, du présent et du futur des résultats obtenu. Pouvoir se rappeler du début historique de ses expériences dans un contexte économique, social et scientifique différents, les mettre dans notre contexte et se projeter dans l’avenir. Ce travail se fait en étroite collaboration avec le directeur de thèse bien évidemment. Car c’est également un apprentissage et le directeur de thèse propose à l’étudiant une façon de travailler adéquate

Ces expériences mises en place, l’écriture des articles scientifiques qui peuvent mettre les résultats en valeur peut commencer. Il est également temps de commencer à se poser les questions sur son avenir professionnel et de commencer à écrire sa thèse et à contacter les membres du jury. C’est un travail qui se fait au mieux sur une année ou sur 6 mois. J’ai commencé 9 mois avant la date de soutenance.

Pour effectuer une bonne thèse, il faut faire des formations qui correspondent à 3 semaines de formations sur les 3 années de thèse et donnent droit à 180 unités d’enseignement (UE) nécessaires pour soutenir sa thèse. J’ai choisi des formations qui tournaient autour de la création d’entreprise CBA qui n’existe plus aujourd’hui, je me suis formée au métier de recherche dans les laboratoires de recherche privées.

Durant ces années de thèse, j’ai également participé à des forums de l’école doctorale (ED). Ces participations sont importantes car elles permettent de savoir ce sur quoi les autres étudiants de l’école doctorale travaillent, de former son réseau, de connaître les autres sujets qui sont traités dans son ED.

Pour soutenir sa thèse, il est nécessaire de constituer un jury de thèse composé de docteurs ayant une bonne connaissance du sujet traité, du directeur de thèse et du directeur de l’école doctorale. Il est important de prévenir les différents membres par emails et, en fonction leurs réponses, il faudrait leur envoyer le résumé du sujet de thèse.

Il est nécessaire d’obtenir au préalable l’approbation de soutenance du directeur de l’école doctorale. En effet, pour prendre la décision, il détermine si les travaux réalisés sont suffisants pour écrire une thèse, sinon il demande des expériences complémentaires, il évalue aussi si des articles scientifiques vont être publiés, si toutes les UE ont été effectuées. C’est une fois l’avis favorable du directeur de l’école doctorale obtenu que commence véritablement l’écriture de sa thèse.

J’ai commencé l’écriture de ma thèse par l’écriture des matériels et méthodes. En effet, durant des travaux de recherche, il est impératif de tenir un cahier de laboratoire. Ce dernier doit être le plus précis possible pour pouvoir effectuer à nouveau certaines expériences au cas où les précédents n’ont pas marché. Pour pouvoir comprendre pourquoi une expérience n’a pas marché par rapport à une autre et être reproductible dans le temps. Des expériences scientifiques doivent pouvoir être reproductible peu importe la position géographique si on se trouve dans les mêmes conditions de température, il faudrait avoir le même rendement avec les expériences effectuées. Ainsi, il est impératif de noter les matériels et les méthodes tous les jours.

Ensuite, le moment est arrivé d’écrire l’introduction qui permet d’établir la genèse de ses travaux ce qui permet de comprendre les expériences qu’on a effectuées durant la thèse et d’avoir une vision sur l’avenir des résultats qu’on a obtenu.

Puis j’ai écrit les résultats et la discussion. C’est un moment délicat car il concerne effectivement le travail de thèse, une analyse des résultats obtenus, une discussion autour de ces résultats. La discussion consiste en un résumé succinct des résultats et de la traduction de ces résultats dans le contexte dans lequel on se trouve. En dehors de ce contexte, qu’est-ce qui aurait pu être obtenu, comment est-ce que ces résultats sont pertinents dans l’univers scientifique de ce sujet de thèse et en quoi est-ce que ces résultats peuvent permettre d’envisager un avenir favorable pour ce sujet de thèse là. Comment est-ce qu’on peut se projeter avec ces résultats.

Enfin, j’ai écrit la conclusion et établi la bibliographie des différents articles qui ont servi à l’écriture de la thèse.

Une fois l’écriture de la thèse effectuée, il faut envoyer le manuscrit aux membres du jury qui vont l’évaluer, donner leurs remarques, leurs réserves par rapport à la discussion, des modifications éventuels. Ce sont toujours des suggestions et des remarques très pertinentes pour le jeune docteur car cela permet dans un premier temps d’avoir une discussion virtuelle avec les membres du jury. Il est important de s’arrêter sur ces remarques car elles permettent d’évaluer la sensibilité du jury par rapport au sujet qu’on lui présente et ainsi de préparer les éventuelles questions qu’il peut poser le jour de la soutenance.

Durant la correction du manuscrit, il est nécessaire de préparer le jour de la soutenance. Cette préparation passe par une invitation des personnes que nous désirons voir ce jour-là et par la mise en place du pot qui suivra la remise du diplôme. Puis, préparer la présentation en créant un fichier power point. Cette dernière reprend ce qui a été écrit dans le rapport de thèse, les expériences et les résultats.

Un entrainement de plusieurs jours s’impose. La présentation de la soutenance dure 45 minutes qu’il est impératif de préparer, il est nécessaire de préparer les questions et la discussion qui vont s’en suivre avec les membres du jury. Ces derniers peuvent durer de 1 à 2 heures. C’est très important de s’entourer des personnes qui sont dans le laboratoire, et leur demander de participer à la préparation de cette soutenance.

Le jour de la soutenance arrive enfin. On a convoqué les membres du jury et on leur a envoyé une version papier du rapport. Ils ont accepté de nous faire l’honneur de juger notre travail de thèse. On a préparé la salle, préparer l’ordinateur de la soutenance et mis la présentation sous différents formats dessus. On a stressé mais on a soutenu. On répond ensuite aux questions, avant de laisser la salle au jury qui évalue s’ils donnent la thèse. S’il la donne, Le moment des remerciements arrive, le moment de la fête mais aussi celui de la question :

Qu’est-ce que tu feras après la thèse. La première réponse c’est : « Je vais corriger ma thèse ». En effet, il faut faire des corrections de langue, des corrections scientifiques, faire une dernière édition papier du sujet de thèse, envoyer à l’école doctorale sous clé USB.

Que faire avec une thèse ? Que faire après une thèse, ça fera l’objet d’un prochain article.

Je vous remercie pour votre lecture assidue de mes articles, je vous invite à les partager, à les commenter et à les apprécier afin de m’encourager à vous mettre du contenu supplémentaire.

Je vous dis à très bientôt.

Publié par staellesonia

Docteur en biologie structurale, Consultante laboratoire.

2 commentaires sur « ORGANISATION ET GESTION DU TEMPS LORS D’UNE THESE DOCTORALE »

  1. Bjr Staelle je trouve ton article assez intéressant cependant je reste sur ma fin. Tu n’as fait que présenter ton expérience tout au long de l’article. Tu n’as pas dis combien de temps te prenais les différentes étapes de ton travail de recherche. Oui au début de ton papier tu as donner le délais d’une thèse qui est de 3 ans. Mais aucune précision quand au découpage des différentes actions et activités.
    Je reste et demeure l’un de tes fidèles lecteurs.
    Merci

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